Resumiendo conceptos básicos...

... y de forma gráfica, que las ideas entran mejor por los ojos.
(por supuesto... se trata de simples esquemas conceptuales... para 'novatos')

1- Los Sistemas Operativos

2- El uso de los Sistemas operativos es muy variable

3- Cada SO tiene distinta arquitectura, organización y estructura

4- Y las Aplicaciones (Programas) se instalan de muy distinta manera. Por eso no son compatibles

5- Pero, a pesar de ser tan distintos, Windows y Linux pueden convivir en un PC